临床诊断需把握以下几点
（1）天气多变的秋末、早春和寒冷的冬季易发生；突然暴发，传播迅速，很快累及大部分猪或整个猪群，可初步认定为流感。
   （2）病猪流泪、鼻液增多，严重时咳嗽，腹式呼吸；体温40℃-42℃，临床症状很典型且很有参考价值；
（3）猪流感的病理变化主要在呼吸器官。鼻、咽、喉、气管和支气管的粘膜充血、肿胀，表面覆有粘稠的液体，小支气管和细支气管内充满泡沫样渗出液。胸腔、心包腔蓄积大量混有纤维素的浆液。肺脏的病变常发生于尖叶、心叶、叶间叶、膈叶的背部与基底部，与周围组织有明显的界限，颜色由红至紫，塌陷、坚实，韧度似皮革，脾脏肿大，颈部淋巴结、纵膈淋巴结、支气管淋巴结肿大多汁。
但是不同阶段的猪，表现有所不同！
    仔猪
    通常哺乳仔猪不会患猪流感，除非病毒是第一次侵入猪群。
    初乳可在哺乳期为仔猪提供母源免疫。出现咳嗽，肺炎以及发烧等现象。
    母猪
    体温升高，可导致流产。普遍咳嗽。 肺炎。
    当病毒首次侵入猪群时，头两天会发现两三头猪发病，之后：
    病情会迅速蔓延，大群普遍表现厌食、病态。
    突然出现呼吸道症状，包括咳嗽、肺炎、体温升高和厌食，并迅速扩散，之后繁殖系统会受到影响。
    急性呼吸困难的症状会持续7～10天（持续时间与母猪群大小有关）。
    在大群水平上可观察到以下现象：
    母猪群突然发病，迅速传播。
    出现咳嗽、肺炎，并迅速传播。
    7～10天后临床症状退却。
    母猪断奶后到发情的天数延长。
    21天返情的母猪增多。
    21天以外返情的母猪增多。
    假怀孕的母猪增多。
    流产率升高，尤其是晚期流产。
    死产率和分娩过程缓慢的情况增多。
    产木乃伊胎数量偶尔也会增多。
    体温升高阶段可能会引发其它疾病。一个典型的例子就是钩端螺旋体继发感染，会导致流产率升高。
    断奶猪与生长猪
    急性发病：
    患猪突然倒卧不起，这是个典型症状。呼吸沉重。 剧烈咳嗽。
    多数猪只看起来会死掉，但是除非有其它呼吸道疾病并发，否则大部分不经治疗自会康复。
    猪流感病毒本身可导致严重的肺炎，但如果并发其它感染，如：放线杆菌胸膜肺炎、地方性肺炎和PRRS等，就会演变成一种慢性的呼吸系统综合症，很难处理。因此对病情严重的患猪个体应给予抗生素治疗以防止继发其它肺部感染。
    地方性发病：  
    这种情况下该病毒驻留在猪群当中，引起小群发病（通常是断奶仔猪）。它有可能连续导致一些呼吸系统疾病，症状类似急性发病，但不那么严重。
该病潜伏期非常短，只有12～48小时。
    如果母猪配种后21天之内感染病毒，此时如果胚胎还没有着床，会造成21天返情；如果胚胎已经在交配后14～16天着床，就会造成妊娠中断，出现延迟的返情。如果母猪在妊娠期前五周感染病毒，会造成胚胎死亡与吸收，母猪会表现为假怀孕，或产仔数减少。此后整个妊娠期母猪感染病毒都可能造成流产或分娩时娩出晚期木乃伊胎。该病对公猪也会产生影响。感染会造成公猪体温升高，从而降低精子品质，受精率持续降低4～5周。
在大型猪群中猪流感可发演变为地方性疾病，不时地造成繁殖方面地问题。而且即使猪群感染过一种毒株后，仍然会感染另外一种毒株。猪群对流感病毒的免疫期常常很短（6个月），而且繁殖群的免疫状况在不同时期也会有很大差异。
根据本病流行的特点、发生的季节、临床症状及病理变化特点，可初步诊断。确诊尚需进行分离病毒及血清学试验。
　　1．分离病毒最好从活体采集鼻粘膜拭子样品，发热期比退热后更容易在鼻腔和咽部分泌物中分离出病毒。也可从死亡或急性期剖杀的猪肺组织中分离病毒，培养时将肺组织磨碎（剪碎），悬浮在盐水中。将病料接种10龄鸡胚，在35℃孵化72小时后收集尿囊液（流感病毒通常不致死鸡胚），测定其凝集鸡红细胞的能力，证明流感病毒的存在。
　　2．血清学试验猪流感血清学诊断需采双份血清样品，一份在急性发病期采集，另一份在此后的3～4周采集，如果抗体水平升高则为阳性。用血凝抑制（HI）检测抗体是最常用的方法。此外，检测病毒和病毒抗原或特异性抗体的方法还有肺组织直接免疫荧光技术、鼻腔上皮细胞间接免疫荧光技术、细支气管肺泡冲洗物免疫荧光显微镜技术、固定组织的免疫组化检测技术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、多聚酶链式反应（PCR）。
通过以上这些，基本可以对该病作出一个准确判断。